Вплоть до 1917 г. звания почетного гражданина Санкт-Петербурга были удостоены семеро человек. Кандидатура почетного гражданина предлагалась на заседании городской думы, после чего испрашивалось Высочайшее разрешение Государя Императора на поднесение звания данному лицу.
Первым почетным гражданином в 1866 г. стал картузный мастер Осип Комиссаров, толкнувший под руку народовольца Дмитрия Каракозова, когда тот стрелял в Александра II.
В том же 1866 г. в знак благодарности за выражение сочувствия императору высокого звания был удостоен уполномоченный Северо-Американских Соединенных Штатов Дж. В. Фокс.
В 1878 г. почетное звание получили петербургский городской голова Н.И. Погребов (на фото).
Николай Иванович Погребов избирался городским головой 20 мая 1866 г. и 11 июня 1870 г. Состоял городским головой непрерывно в течение восемнадцати лет. Принимал участие во многих правительственных комиссиях, имевших отношение к общественному хозяйству: трудился в комиссии по составлению Городового положения 1870 г., участвовал в высочайше утвержденной при Министерстве финансов комиссии об устройстве земских банков, был членом Совета торговли и мануфактур Министерства финансов, членом комиссии по воинской повинности, членом совета Петербургского общества взаимного кредита, почетным членом благотворительного общества при церкви Калинкинского морского госпиталя.
Николай Иванович содействовал учреждению двух обществ, имеющих большое экономическое значение для населения — Петербургского городского кредитного общества и Петербургского общества взаимного от огня страхования. Также ввел в действие положение о преобразовании трактирного промысла и новое Городовое положение. Обладая талантом общественного деятеля, Погребов оставил о себе память как о человеке добром, честном, для которого общественный интерес, его дело было главным в жизни. На заседании Городской думы постановлением от 31 декабря 1878 года «за преданность городским интересам» и выдающиеся заслуги перед городским хозяйством Петербурга Погребову от имени городского общества был поднесен диплом почетного гражданина города Санкт-Петербурга с занесением его имени в специальную думскую книгу, его портрет был помещен в малом зале думы, а мужское и женское городские начальные училища были названы «Погребовскими». Николай Иванович завещал свой капитал Петербургскому училищу глухонемых и Петербургской духовной академии; также он помогал 5-й Петербургской гимназии.
Также почетными гражданином в 1878 г. стал герой обороны Шипки, генерал-адъютант Ф.Ф. Радецкий, в 1881 г. – известный путешественник Н.М. Пржевальский.
В 1899 г. почетным гражданином Санкт-Петербурга стал принц А.П. Ольденбургский. В 1881 г. почетное звание было предложено принять министру внутренних дел, графу М.Т. Лорис-Меликову, однако тот от предложения отказался.
Революция 1917 года в числе прочего упразднила и почетное гражданство городов. В 1993 г. звание «Почетный гражданин Санкт-Петербурга» было восстановлено. На настоящий момент оно присвоено 54 лицам, в том числе Ж.И. Алферову, Д.С. Лихачеву, В.В. Путину, А.А. Собчаку, А.Б. Фрейндлих.