Из всех христианских конфессий, существующих в России помимо православия, только Лютеранская церковь была признана на государственном уровне с особым статусом, а лютеране были инкорпорированы в российский правящий класс и интеллигенцию.

Появление лютеран в России относят к XVI веку. Первые лютеране в России появляются почти сразу после возникновения лютеранства на Западе. Причины приезда их в страну были самыми различными. Прежде всего, заинтересованные в западных специалистах, русские цари приглашали ко двору на службу докторов, аптекарей, художников, переводчиков и военных. Многие из них – шведы, финны, немцы датчане – были лютеранами.

Кроме того, увеличению числа лютеран в России способствовали политические условия: расширение межгосударственных связей приводило к обмену дипломатическими миссиями, заключению договоров с лютеранскими странами. Дипломатические союзы с XVIII века закреплялись браками русских государей с иностранками, преимущественно с лютеранками, перед замужеством принимавшими православную веру. Вмести с иностранцами-лютеранами в Россию приезжали и лютеранские пасторы. В XVI-XIX веках численность лютеран в России увеличилась также в результате войн, поскольку к территории России присоединялись земли с лютеранским населением. Военнопленные-лютеране расселялись по разным русским городам.

Считается, что различные специалисты начали прибывать в Россию уже в последние годы княжения Василия III (1524-1533) и при Иване IV (Грозном) из Германии и Швеции. Известно, что русское правительство знало о происходившей в Западной Европе Реформации: прямое упоминание о ней впервые встречается в дипломатических документах Ивана IV (1533-1584). Нуждаясь в западных специалистах, цари предпочитали выписывать из-за границы именно лютеран (лютеров), поскольку Русскому государству в те времена приходилось вести тяжелую борьбу с католической Польшей.

Новый этап в развитии лютеранства наступает в России с воцарением Петра I. Петр I c явной симпатией относился к лютеранам и к самой реформе Лютера, так что лютеранство приобретает привилегированное положение второго государственного исповедания. В Москве единственное сохранившееся здание лютеранской кирхи, как считают, было построено в 1702 г. при участии Петра, заложившего первый камень в ее основание. Позже община переехала, и кирха была возведена на другом месте. В 1708 г. Петр I основал существующую и ныне в Петербурге лютеранскую церковь Св. Петра. Из книг и хроник этой церкви известно, что все русские цари были частыми ее посетителями. В кирхе имелось даже особое царское место. Петр I не только посещал эту церковь в дни богослужений, но и певал там духовные песнопения. При нем появилось изложение Аугсбургского исповедания на русском языке. Императором в 1723 г. было поручено Священному Синоду собрать, перевести и напечатать катехизисы разных вероисповеданий, в том числе и лютеранского. Однако веление не было исполнено вследствие последовавшей вскоре смерти Петра.

В эпоху дворцовых переворотов особо благоприятным для лютеран временем было царствование Анны Иоанновны (1730-1740). В ее окружении было много иностранцев лютеранского вероисповедания, некоторые из них занимали высшие должности.

В царствование Екатерины II (1762-1796) число лютеран в России заметно увеличилось за счет прибывших в страну немцев-колонистов, из которых две трети были лютеранами.

В 1721 г. после присоединения к России Лифляндии, Эстляндии, Ингерманландии и Старой Финляндии на территории России оказались Лифляндская обер-консистория, Эстляндская и Эзельская провинциальные консистории, также из части Выборгской епархии Церкви Швеции была создана Выборгская консистория, 23 февраля 1734 г. они были переданы в подчинение Консисториальному заседанию Юстиц-коллегии Лифляндских, Эстляндских и Финляндских дел.

В 1735 г. лютеранский приход учреждается в Екатеринбурге, а в 1764 г. — в Барнауле. На присоединенных в 1743 г. территориях Финляндии была учреждена Фридрихсгамская консистория. В течение XVIII века по мере возникновения немецких слобод и кварталов в крупных городах в них возникли отдельные лютеранские приходы. В 1785 г. после создания немецких колоний в Поволжье и Причерноморье были созданы Саратовская и Одесская городовые консистории, в 1819 г. им были переданы в управление лютеранские общины близлежащих губерний, в 1823 г. были созданы 2 пробства в составе Саратовской консистории и 2 пробства в составе Одесской.

В 1809 г. после присоединения Финляндии к России Епархия Турку была выделена из Церкви Швеции и образовала Евангелическо-лютеранскую церковь Финляндии, в 1812 г. к ней были присоединены Выборгская и Фридрихсгамская консистория, став частью Боргоской епархии. В 1815 г. после присоединения к России Царства Польши также на территории России оказались ее лютеранские приходы, объединенные в Варшавскую консисторию.

В начале XIX века император Александр I предпринял попытку реорганизации лютеранских приходов в России, в том числе была сделана попытка создать российский лютеранский епископат, имеющий апостольскую преемственность от Церкви Швеции. Первым российским лютеранским епископом стал в 1819 г. Закариас Сигнеус. Введение епископского управления вызвало протест многих протестантских консисторий на местах, остзейского дворянства, а также последователей кальвинизма, отстаивавших систему общинного церковного самоуправления. В 1829 г. Закариас Сигнеус управлял одним Санкт-Петербургским консисториальным округом.

В 1832 г. была произведена реорганизация провинциальных консисторий — Саратовская, Одесская и Нарвская консистории были упразднены, пробства Саратовской консистории и отдельные приходы на территории от Москвы до Тихого Океана были переданы созданной одновременно Московской консистории, пробства Одесской и Нарвской консисторий и отдельные приходы Запада Европейской части России и Украины — созданной одновременной Санкт-Петербургской консистории. Были изданы Устав Евангелическо-Лютеранской церкви, который вместе с Наказом духовенству, согласно которым суперинтентендентом Евангелическо-лютеранской церкви России становился император, непосредственное управление церковью осуществляла Генеральная консистория, церковь делилась на консисториальные округа, консисториальные округа на пробства, пробства на приходы. Каждый консисториальный округ управлялся консисторией, с генерал-суперинтендентом во главе. Государственная власть могла по своему усмотрению экстренно созывать «генеральный синод» из депутатов и членов консисторий; генерал-суперинтенденты могли созывать провинциальные синоды в пределах консисториальных округов, каждый из таких синодов состоял из всех пробстов и пасторов консисториального округа. Каждая консистория состояла из светского президента, духовного вице-президента, двух светских и двух духовных асессоров. Президенты и вице-президенты консистории назначались императором по предложению министра внутренних дел (в Московской и Санкт-Петербургской консисториях), ландтага (в Курляндской, Лифляндской и Эстляндской консисториях) или магистрата (Рижской и Ревельской консисториях), члены — министром внутренних дел из числа кандидатов, для избирания которых в разных округах существовали различные правила — светские заседатели московской и санкт-петербургской консисторий пополнялись кооптацией, тогда как светские заседатели лифляндской, курляндской, эзельской и эстляндской консисторий избирались ландтагами, в Рижской и Ревельской — магистратами, духовные заседатели — духовенством. Пробства управлялись пробстами и пробстскими синодами, состоявшими из всех пасторов пробства. Приходы управлялись пасторами, при которых действовали приходские конвенты, состоявшие из всех прихожан, и церковные старосты (Kirchenvormüden, Kirchenvorsteher). Приходские пасторы избирались из крещенных и конфирмированных не моложе 25 лет, владеющим русским языков, окончивших богословский факультет в Юрьевском (Дерптском) университете и выдержавших особый экзамен в консистории и утверждались императором.

В 1890 г. Рижская, Эзельская и Ревельская консистории были упразднены, а их приходы перешли в ведение Лифляндской и Эстляндской консисторий. Кроме консисториальной церкви в Великом княжестве Финляндском существовала независимая от нее епископальная церковь, в Закавказье — синодальная лютеранская церковь, во главе с синодом, половина членов которого являлись пасторы, друга половина — выдвигалась приходами и утверждалась тифлисским губернатором, а в Привислинском крае — Евангелическая церковь Конгрессовской Польши (включала 5 епархий) во главе с Варшавской консисторией — церковь управлявшаяся консисторией, все члены которой назначались Министром внутренних дел.

17 апреля 1905 г. в России вышел Указ о веротерпимости, которым было разрешено переходить из православной вера в лютеранскую и крестить детей от смешанных браков в лютеранской вере. В 1914 г. в России, не считая Эстонии, Ливонии, Курляндии, Финляндии и Польши, было не менее 234 лютеранских общин окормляемых 225 пасторами.

Тенденция к сокращению численности лютеран в России начинает проявляться во время Первой Мировой войны. Многие члены Лютеранской Церкви в России были этническими немецами. Они подвергались гонениям на протяжении военных лет (1914-1917). Многие пасторы, обвиненные в “германофилии”, были сосланы в Сибирь. Подверглись преследованиям и волынские немцы, выдворенные войной с территории своего проживания.

В июне 1924 г. в Москве, в церкви святых Петра и Павла, собрался Генеральный Синод Евангелическо-Лютеранской Церкви страны, на котором присутствовало 56 делегатов. В его работе принимало участие представители латышской, эстонской и финской групп. Главными итогами этого церковного собрания были принятие Основного закона и выбор церковного руководства. Вместо прежней Генеральной консистории в Санкт-Петербурге во главе Евангелическо-Лютеранской Церкви стал Верховный совет в Москве. Основной закон, регламентирующий деятельность Церкви, оставался, в принципе, в силе до введения порядка 1988-1990 гг.