Для европеизированного русского чиновника, военного и просто образованного человека второй половины XIX века, слова «ислам» и «мусульмане» означали некий экзотический и чужой Восток. В большинстве случаев исламский мир и исламская культура в глазах представителей власти в исламских окраинах империи были окрашены в негативные тона. Вместе с тем, после увеличения мусульман-подданных в государственной политике России в XIX веке по отношению к мусульманам проявлялось терпимое и уважительное отношение к исламской вере, и были успешные попытки интеграции лояльной к имперской власти части мусульманской элиты и духовенства. Петербург стал постепенно встраивать ее (элиту и духовенство) в систему государственного устройства империи, по возможности включая мусульман в различные сословия и органы управления на местах.

Особое внимание властями уделялось организации государственного регулирования сверху религиозной жизни российских мусульман. Предпринимались попытки «устроить нечто вроде «Русской Исламской церкви» наподобие православия». Однако это стремление властей диктовалось не столько враждебностью к исламу, сколько стремлением российского государства контролировать все религиозные конфессии на территории империи без ограничений.

После многих ведомственных преобразований к концу XIX века сложилась достаточно оформленная система мусульманских духовных учреждений в империи. Мусульманское население Европейской части России и Сибири курировалось Оренбургским и Таврическим муфтиятами, подконтрольными в свою очередь МВД. Мусульманами Кавказа руководили созданные в 1872 г. Суннитские и Шиитские духовные управления, подведомственные российской администрации на Кавказе.

Наиболее децентрализованным было управление мусульманами Средней Азии. В условиях отсутствия какого-либо единого управленческого органа мусульмане Туркестана подчинялись своим духовным лидерам, в свою очередь подконтрольным военному ведомству. Это объяснялось тем, что российские власти опасались создавать централизованный муфтиат в Туркестане, исходя из возможности объединения всех туркестанских мусульман против России. Исламский фактор в Туркестане государственная власть учитывала и первоначально под руководством первого генерал-губернатора Туркестанского края К. Кауфмана проводила по отношению к нему политику позитивного нейтралитета. При этом по возможности ограничивая влияние на российских мусульман зарубежных духовно-исламских центров.

Однако стоит заметить: ислам в отличие от православия и других конфессий обладал реальной самостоятельностью, поскольку его религиозная структура изначально не предполагала институциональную и строго иерархическую систему организации.

Надо сказать, что в отличие от многих подданных западных окраин российские мусульмане были всегда лояльны к власти, но они никогда не хотели отказываться от конфессиональной идентичности и постулируемых ею норм, и правил повседневной жизни. Поэтому любое давление центральных властей у мусульман вызывало либо отчаянное сопротивление, вплоть до вооруженной борьбы, либо приводило к мягкому отказу от сотрудничества с властями. Но, так или иначе, мусульмане упорно стремились воспроизвести традиционные устои исламского мировоззрения и образа жизни. Переделать многовековую идентичность и связанный с ней образ жизни так и не удалось. Обычно власти после нескольких попыток реформировать образ жизни мусульман возвращались к традиционному сотрудничеству с ними, которое выражалось в невмешательстве в их жизненный уклад.

После присоединения Северного Кавказа, Азербайджана и особенно Средней Азии количество мусульман в России резко выросло. По материалам переписи 1897 г., мусульмане являлись второй по численности после православных религиозной группой населения. Их насчитывалось 13889000 человек. И численность мусульман в Российской империи имела постоянную тенденцию к росту: к 1917 г. в стране проживало около 20 миллионов мусульман. Из них большинство принадлежало к суннитам, и лишь на территории Азербайджана преобладали шииты.

Мусульманские народы были весьма разнородны по своему этническому составу, социально-экономическому укладу и культурным традициям. Большинство российских мусульман были тюрками. Однако ни язык, ни особенности культуры, ни социально-экономический уклад для определения их идентичности не был так важен, как их религиозная принадлежность. Религиозная идентичность для мусульман России была всегда первичнее, чем этническая или языковая.

Наиболее привилегированной группой среди российских мусульман власти считали мусульманское дворянство. Но главная проблема для мусульманской знати заключалась в подтверждении своего благородного происхождения, поскольку у многих не имелось соответствующих документов. Это сильно затрудняло приравнивание мусульманской верхушки к российскому благородному сословию. Сложность определения своего высокого статуса приводила к тому, что в отличие от дворян-христиан, мусульманская знать могла быть приравнена к российскому дворянству только находясь на государственной службе или по высочайшему соизволению.

Отсюда неудивительно, что в XIX веке значительная часть мусульманской знати находилась на русской государственной службе, в том числе и в управлении на восточных окраинах. Десятки офицеров и генералов-мусульман отличились в многочисленных войнах, которые вела тогда Россия, и были награждены чинами и орденами, дававшие им право на обретение потомственного дворянства. К концу XIX века в России насчитывалось примерно 70000 мусульман – потомственных и личных дворян и классных чиновников (с семьями), что составляло около 5% от общего числа дворян империи. В действующей армии служило до 9 генералов из мусульман.

Казань, ставшая центром мусульманской образованности в России еще в конце XVIII века, благодаря все большему включению в состав империи территорий с мусульманским населением в XIX веке приобрела особое положение. Именно здесь формировались первые среди мусульман России ростки модернизированной мусульманской культуры и образования. По словам Герцена, Казань представляла собой главный караван-сарай на пути идей европейских в Азию и характера азиатского в Европу. Любопытно отметить, что уровень грамотности татарского населения в течении всего XIX и начала XX веков был выше, чем у русских. Внутри России казанские татары оказали сильное просветительское влияние на башкир, азербайджанцев, мусульман Северного Кавказа и Туркестана.

Зато беспокойство властям доставлял ислам сектантского толка, в первую очередь мистико-религиозное течение в исламе – суфизм. Большие опасения помимо экстатических практик суфийских шейхов вызывала у русских чиновников и военных абсолютная власть шейха и его халифов над душами и жизнями мюридов (последователей), простиравшаяся далеко за пределы сферы, подконтрольной российскому закону. Ситуация усугублялась тем, что ни власть, ни традиционное мусульманское духовенство не имели действенных рычагов воздействия на суфийские общины. Характерно, что в Средней Азии (как во многом и на Северном Кавказе) русским войскам пришлось столкнуться не столько с сопротивлением мусульман, сколько с сопротивлением мусульманских суфийских братств, особенно чрезвычайно влиятельного в регионе братства Накшбандийя. Почти все лидеры антироссийских выступлений в перечисленных регионах были накшбандийскими шейхами.

В правлении Александра II среди российских мусульман четко обозначились две генеральные линии религиозно-культурной эволюции: традиционалистская в лице кадимистов (от арабского слова «кадим» – старое) и модернистов в лице джадидов (от арабского слова «джадин» – новое). Если традиционалисты (фундаменталисты) ратовали за возвращение к чистоте ислама, то модернисты стремились приспособить жизнь мусульман к европейской культуре и образованию. Обновленцы (джадиды), появившиеся, прежде всего, в Казани в 80-х гг. XIX века и несколько позднее в Средней Азии, выступали за европеизацию старой системы мусульманского образования. Добиваясь модернизации мусульманского мира, джадиды выступали за развитие контактов с русской культурой и наукой, за восприятие через Россию новейших веяний из Европы.

Постепенно деятельность джадидов все больше стала приобретать политическую направленность. В среде татарской интеллигенции возникают пантюркистские и панисламистские концепции единого, но модернизованного исламского мира. Некоторые дальновидные чиновники, предвидя в этом грозящую опасность раскола разнородной имперской общности, основа которой состояла из этноконфессионального русско-православного ядра, предупреждали в своих служебных записках, рапортах, какую разрушительную силу для России несет в себе пробужденный и модернизированный ислам.

Российские власти на рубеже XIX – XX веков так были напуганы активностью в Туркестане суфийских орденов с ярко выраженной антироссийской направленностью, реформистским движением джадидов и расширением в крае панисламистской и пантюркистской идеологии, что традиционный ислам стал казаться им самым надежным способом для противодействия как сектантским учениям суфиев, так и исламизированным идеологиям джадидистов. Перед лицом исламской модернизации, способной составить мощную оппозицию имперской власти, Петербург стал всемерно поддерживать консервативное мусульманское духовенство, резко ограничив строительство так называемых новометодных школ.