В последние годы правления Александра I полномочия высшей полиции были делегированы Особенной канцелярии Министерства внутренних дел, что, впрочем, не мешало функционировать и тайной полиции при штабе Гвардейского корпуса, во Второй армии и южных военных поселениях.
Кроме того, продолжал действовать учрежденный еще в 1807 г. Комитет охранения общей безопасности; наконец, собственными тайными агентами располагали главный начальник Отдельного корпуса военных поселений А.А. Аракчеев и санкт-петербургский военный генерал-губернатор М.А. Милорадович.
Однако, несмотря на обилие секретных служб, деятельность декабристских кружков так и не была пресечена. Поэтому, когда в январе 1826 г., сразу после восстания декабристов, генерал-лейтенант Александр Христофорович Бенкендорф, бывший одним из самых доверенных лиц Николая I, предложил реорганизовать ведомство политической полиции таким образом, чтобы она «подчинялась системе строгой централизации» и «обнимала все пункты империи», молодой император поручил ему составить подробный проект соответствующей реформы. А чуть позже и доверил руководство новым ведомством.
В двухэтажном особнячке за номером 16 на набережной Фонтанки в середине XIX века помещалась по выражению Герцена «центральная шпионская контора». Главная шпионская контора – официально III отделение собственной Его Императорского Величества канцелярии.
На Фонтанку 16 шпионская контора переехала в 1838 г. На обширной внутриквартальной территории, кроме самой канцелярии размещались архив, жандармские казармы, а также тюрьма для подследственных. В этой тюрьме в 1847 г. побывал Тарас Шевченко. В 1849 г. – Достоевский вместе с другими петрашевцами.
Шеф III отделения докладывал императору не только о политическом и экономическом положении в губерниях Российской империи, о крестьянских волнениях и прочая и прочая. Среди «всеподданнейших» отчетов встречались и доклады «о явлении образа Божьей матери в селении Березняки», «о родившемся у обывателя Синявского младенце женского пола, по ошибке названном мальчиком Ефимом», «об укушенных собакой денщиках жандармского офицера». Все эти доклады Николай I внимательно прочитывал и накладывал свои резолюции. Часто вполне остроумные. Например, в одном из докладов сообщалось, что мужик Евстигнеев зашел в кабак, не сняв шапки. Кабатчик сердито сказал ему: «Сними шапку! Видишь – здесь портрет царя!» На это Евстигнеев ответил: «А мне на твоего царя наплевать!» За такие поносные слова полицейские немедленно схватили мужика, делу дали ход. На донесении об этом происшествии Николай I наложил резолюцию: 1) дело производством прекратить; 2) царских портретов впредь в кабаках не вешать; 3) передать мужику Евстигнееву, что и мне на него наплевать. Так что Евстигнеев отделался легким испугом – редкое исключение в практике III отделения.